21 декабря 1993 года Президент России Б. Н. Ельцин подписал указ об упразднении Министерства безопасности Российской Федерации и о создании Федеральной службы контрразведки Российской Федерации (ФСК России). 3 апреля 1995 года Б. Н. Ельцин подписал Федеральный закон «Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации», вступивший в силу 12 апреля 1995 года. В соответствии с ним ФСК России была переименована в Федеральную службу безопасности Российской Федерации, при этом не проводилось организационно-штатных мероприятий, сотрудники службы (включая директора и его заместителей) оставались на своих должностях без переназначений и переаттестаций. 23 июня 1995 г. соответствующие изменения «задним числом» были внесены в структуру федеральных органов исполнительной власти . Этим же указом были утверждены положение о службе и структуре её центрального аппарата, повторявшей структуру ФСК за некоторыми исключениями (воссоздано следственное управление, появилось управление специальных операций, секретариат преобразован в управление делами).
- 14 августа 1996 года официальное наименование службы было изменено с «Федеральная служба безопасности Российской Федерации» на «Федеральная служба безопасности России». 9 сентября 1996 года переименование было отменено.
- В мае 1997 г. произведена крупная реорганизация центрального аппарата: из 22-х управлений осталось 5, остальные сгруппированы в 5 департаментов.
- 11 марта 2003 года Президент Российской Федерации В. В. Путин своим указом передал функции Федеральной пограничной службы Российской Федерации и ФАПСИ в ведение ФСБ России.
В июле 2004 г. произведена следующая крупная реорганизация центрального аппарата: вместо департаментов созданы службы Федеральной службы безопасности, количество заместителей директора уменьшено с двенадцати до четырёх (включая двух первых).

Направления деятельности:

Контрразведывательная деятельность — деятельность органов ФСБ в пределах своих полномочий по выявлению, предупреждению, пресечению разведывательной и иной деятельности специальных служб и организаций иностранных государств, а также отдельных лиц, направленной на нанесение ущерба безопасности Российской Федерации.

В соответствии со статьёй 8 Федерального закона от 3 апреля 1995 г. N 40-ФЗ «О федеральной службе безопасности»,деятельность органов ФСБ осуществляется по следующим основным направлениям:

- контрразведывательная деятельность;
- борьба с терроризмом;
-борьба с преступностью;
-разведывательная деятельность;
- пограничная деятельность;
-обеспечение информационной безопасности.
-Иные направления деятельности органов ФСБ определяются федеральным законодательством. Права и обязанности Федеральной службы безопасности Российской Федерации установлены статьями 12 и 13 федерального закона «О федеральной службе - безопасности» № 40-ФЗ.

Борьба с преступностью и террористической деятельностью:

Органы ФСБ в соответствии с законодательством Российской Федерации осуществляют оперативно-розыскные мероприятия по выявлению, предупреждению, пресечению и раскрытию шпионажа, террористической деятельности, организованной преступности, коррупции, незаконного оборота оружия и наркотических средств, контрабанды и других преступлений, дознание и предварительное следствие по которым отнесены законом к их ведению, а также по выявлению, предупреждению, пресечению и раскрытию деятельности незаконных вооруженных формирований, преступных групп, отдельных лиц и общественных объединений, ставящих своей целью насильственное изменение конституционного строя Российской Федерации. На органы ФСБ нормативными правовыми актами федеральных органов государственной власти могут возлагаться и другие задачи в сфере борьбы с преступностью.

Разведывательная деятельность:

Разведывательная деятельность осуществляется органом внешней разведки федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности в соответствии с Федеральным законом «О внешней разведке».

Пограничная деятельность:

- защита и охрана Государственной границы Российской Федерации в целях недопущения противоправного изменения прохождения - Государственной границы Российской Федерации, обеспечения соблюдения физическими и юридическими лицами режима
- Государственной границы Российской Федерации, пограничного режима и режима в пунктах пропуска через Государственную границу Российской Федерации;
- защита и охрана экономических и иных законных интересов Российской Федерации в пределах приграничной территории, - исключительной экономической зоны и континентального шельфа Российской Федерации, а также охрана за пределами - исключительной экономической зоны Российской Федерации запасов анадромных видов рыб, образующихся в реках Российской Федерации.

Главное здание ФСБ на Лубянке

Обеспечение информационной безопасности:

- При формировании и реализации государственной и научно-технической политики в области обеспечения информационной безопасности, в том числе с использованием инженерно-технических и криптографических средств;
- При обеспечении криптографическими и инженерно-техническими методами безопасности информационно-телекоммуникационных систем, а также систем шифрованной, засекреченной и иных видов специальной связи в России и её учреждениях, находящихся за пределами России.