Военно-морской (Андреевский) флаг Российской Федерации.
Полотнище белого цвета с двумя диагональными полосами голубого цвета.
Полотнище белого цвета с двумя диагональными полосами синего цвета.

Флаг Федеральной службы железнодорожных войск Российской Федерации (ФСЖВ России)
В состав Министерства обороны не входила.

Флаг Министерства обороны Российской Федерации.

Флаг Военно-воздушных сил.
Полотнище голубого цвета. В центре — перекрещённые пропеллер и зенитная пушка на парящих крыльях. Из центра к углам и кромкам расходятся 14 лучей.

Флаг Сухопутных войск.
Полотнище красного цвета. В центре полотнища — малая эмблема Сухопутных войск.

Флаг Космических войск.
Полотнище голубого цвета. В центре — эмблема Космических войск.

Флаг Тыла Вооружённых Сил Российской Федерации.

Флаг Ракетных войск стратегического назначения.
Полотнище тёмно-синего цвета с красной полосой внизу. В центре — щит и меч на перекрещённых стрелах.

Флаг Воздушно-десантных войск.
Полотнище голубого цвета с зелёной полосой внизу. В центре — раскрытый парашют с фигурой парашютиста и двух самолётов с обеих сторон парашюта.

Флаг войск радиационной, химической и биологической защиты.

Флаг разведывательных соединений и воинских частей.

Флаг инженерных войск.
Полотнище с рисунком четырёхконечного креста белого цвета с расширяющимися концами и с равноразделёнными между концами креста красно-чёрно-красными углами. В центре — изображение серебряных отвала путепрокладчика, якоря, пылающей гренады с молниями и перекрещённых топоров, обрамлённых сверху зубчатым колесом.

Флаг воинских частей и организаций расквартирования и обустройства войск.
Полотнище с рисунком четырёхконечного креста белого цвета с расширяющимися концами и с равноразделёнными между концами креста черно-красными углами. В центре — изображение серебряных остроконечного шлема в центре четырёхбастионной фортеции с продетыми накрест молотком и топором.

Флаг соединений и воинских частей ядерного обеспечения.

Флаг Железнодорожных войск.