Флаг Верховного Главнокомандующего Вооружёнными Силами России.
Военно-морской (Андреевский) флаг Российской Федерации.
Полотнище белого цвета с двумя диагональными полосами голубого цвета.
Полотнище белого цвета с двумя диагональными полосами синего цвета.
Флаг Федеральной службы железнодорожных войск Российской Федерации (ФСЖВ России)
В состав Министерства обороны не входила.
Флаг Министерства обороны Российской Федерации.
Флаг Военно-воздушных сил.
Полотнище голубого цвета. В центре — перекрещённые пропеллер и зенитная пушка на парящих крыльях. Из центра к углам и кромкам расходятся 14 лучей.
Флаг Сухопутных войск.
Полотнище красного цвета. В центре полотнища — малая эмблема Сухопутных войск.
Флаг Космических войск.
Полотнище голубого цвета. В центре — эмблема Космических войск.
Флаг Тыла Вооружённых Сил Российской Федерации.
Флаг Ракетных войск стратегического назначения.
Полотнище тёмно-синего цвета с красной полосой внизу. В центре — щит и меч на перекрещённых стрелах.
Флаг Воздушно-десантных войск.
Полотнище голубого цвета с зелёной полосой внизу. В центре — раскрытый парашют с фигурой парашютиста и двух самолётов с обеих сторон парашюта.
Флаг войск радиационной, химической и биологической защиты.
Флаг разведывательных соединений и воинских частей.
Флаг инженерных войск.
Полотнище с рисунком четырёхконечного креста белого цвета с расширяющимися концами и с равноразделёнными между концами креста красно-чёрно-красными углами. В центре — изображение серебряных отвала путепрокладчика, якоря, пылающей гренады с молниями и перекрещённых топоров, обрамлённых сверху зубчатым колесом.
Флаг воинских частей и организаций расквартирования и обустройства войск.
Полотнище с рисунком четырёхконечного креста белого цвета с расширяющимися концами и с равноразделёнными между концами креста черно-красными углами. В центре — изображение серебряных остроконечного шлема в центре четырёхбастионной фортеции с продетыми накрест молотком и топором.
Флаг соединений и воинских частей ядерного обеспечения.
Флаг Железнодорожных войск.